Siden januar 2004 har velfærdskontrollen omfattet mindst 5 pct. besætninger med mindst 10 dyr - kaldet 5 pct. velfærdskontrol. Alle landbrugsdyr og heste er omfattet af kontrolkravet.
Det er politisk besluttet, at kontrollen skal være integreret og så vidt muligt risikobaseret og at den skal foretages uanmeldt.
Bestemmelserne for kontrollen er fastsat i Justitsministeriets bekendtgørelse nr. 1197 af 19. december 2003 om stikprøvekontrol af velfærd for landbrugsdyr og heste, som ikke holdes med henblik på landbrugsmæssige formål. I Justitsministeriets cirkulæreskrivelse af 6. januar 2004 om ovennævnte bekendtgørelse er bestemmelserne uddybet (læs mere)
I henhold til § 4 i ovennævnte bekendtgørelse skal fødevareregionernes dyrlæger ved udøvelse af kontrollen påse, at reglerne i dyreværnsloven og forskrifter, der udfærdiges med hjemmel i dyreværnsloven, er overholdt, herunder reglerne i bekendtgørelse om halekupering og kastration af dyr, bekendtgørelse om afhorning af dyr, bekendtgørelse om slagtning og aflivning af dyr, bekendtgørelse om forbud mod brug af visse aggregater, halsbånd m.v. til dyr og bekendtgørelse om øremærkning af dyr.
Det følger endvidere af § 5 i bekendtgørelsen, at embedsdyrlægen ved kontrollen i besætninger med landbrugsdyr skal påse, at reglerne i bekendtgørelse om mindstekrav til beskyttelse af landbrugsdyr er overholdt.
Her udover er der fastsat specifikke bestemmelser for kalve, svin, æglæggende høner og slagtekyllinger. Se nærmere herom i afsnittene om de enkelte dyrearter.
Udpegning af besætninger til 5% velfærdskontrol udføres af Fødevarestyrelsen i Glostrup. En del af besætningerne udpeges på baggrund af risikoparametre, der fastlægges hvert år af Fødevarestyrelsen. Der er dog også en del besætninger, der udpeges tilfældigt, som anvendes som referencegruppe for den risikobaserede udpegning.
Udpegningen sker for de fleste dyrearter på baggrund af oplysninger i det Centrale HusdyrbrugsRegister - CHR. Kun heste er ikke registreret i CHR. Antallet af hestebesætninger, besætningernes størrelse og deres geografiske placering findes ved alternative metoder til at identificere hestebesætninger med mere end 10 dyr.
Velfærdskontrollen skal koordineres med anden kontrol i besætningerne. I besætninger, som er udpeget til medicinkontrol, skal der samtidig udføres velfærdskontrol. De til medicinkontrol, og dermed indirekte til velfærdskontrol, udpegede besætninger erstatter et tilsvarende antal besætninger fra de udsendte lister over besætninger til velfærdskontrol.
Øvrig kontrol i besætninger, f.eks. mælkekontrol og kontrol af minkhegn, koordineres med velfærdskontrol, således at de forskellige kontroltyper afvikles samtidigt.
Kontrollen skal foretages uanmeldt. I de tilfælde, hvor velfærdskontrolbesøget er koordineret med varslet kontrol, meddeles ved ankomst til besætningen, at der udføres samtidig velfærdskontrol.
Der kan gå op til et år fra udpegning af besætninger til udførelse af kontrollen. Det er derfor vigtigt, som en del af forberedelserne til kontrolbesøg, at undersøge, om de udmeldte besætninger fortsat er registreret aktive i CHR. Det er derfor væsentligt, at husdyrbrugere husker at meddele ophør til CHR.
Ved kontrolbesøgets start informeres om besøgets formål og en oversigt over relevante regelsæt udleveres til besætningsejeren eller dennes repræsentant. Under besøget udfyldes checklisten for den pågældende dyreart. Ved besøgets slutning udfyldes og udleveres en kontrolrapport.
Fødevarestyrelsen foretager indberetning om kontrolresultaterne til Justitsministeriet, som inden d. 30. april hvert andet år skal indberette til EU-Kommissionen om de foregående to års kontrolresultater for kalve, svin og æglæggende høner.