Fødevarestyrelsens tilsynsførende er underlagt faste rammer for, hvad de må og kan gøre i forbindelse med kontrolbesøg.
Kontrolvejledningen indeholder de generelle retningslinjer, som de tilsynsførende følger, når de er ude og kontrollere virksomheder og dyrebesætninger.
Danmarks flerårige nationale kontrolplan beskriver kontrolsystemerne for fødevarer, foder, plantesundhed, dyrevelfærd og dyresundhed.
Et risikobaseret tilsynskoncept, forbedret vejledning af virksomhederne og modernisering af kødkontrollen var med i fødevareforliget i 2007.
Fødevarestyrelsen har en række redskaber til at sikre kvaliteten af kontrollen. En ensartet kontrol og kvalitetsstrategier er fx et par af dem.
Som led i Fødevarestyrelsens kontrol kan der blive udtaget prøver til laboratorieanalyse for en lang række forskellige bakterier og kemiske stoffer.
Hvis kontrollen finder forhold som ikke er i orden, får virksomheden en sanktion. Det kan være fra en indskærpelse til en bøde for alvorligere overtrædelser.